El Sistema de Control Interno se integra al Modelo Integrado De Planeación y Gestión, a través del MECI, como una de las 7 dimensiones del MIPG, constituyéndose en el factor fundamental para garantizar de manera razonable el cumplimiento de los objetivos institucionales, lo anterior, dispuesto desde el decreto 1499 de 2017.

El objetivo del MECI es proporcionar una estructura de control de la gestión que especifique los elementos necesarios para construir y fortaleacer el Sistema de Control Interno, a través de un modelo que determine los parámetros necesarios (autogestión) para que las entidades establezcan acciones, políticas, métodos, procedimientos, mecanismos de prevención, verificación y evaluación en procura de su mejoramiento continuo (autorregulación), en la cual cada uno de los servidores de la entidad se constituyen en parte integral (autocontrol).

La nueva estructura del MECI busca una alineación a las buenas prácticas de control referenciadas desde el Modelo COSO, razón por la cual la estructura del MECI se fundamenta en cinco componentes, a saber:
Ambiente de control.
Administración del riesgo.
Actividades de control.
Información y comunicación.
Actividades de monitoreo.

Esta estructura está acompañada de un esquema de asignación de responsabilidades y roles para la gestión del riesgo y el control, el cual se distribuye en diversos servidores de la entidad, no siendo ésta una tarea exclusiva de las oficinas de control interno:
Línea estratégica, conformada por la alta dirección y el equipo directivo.
Primera Línea, conformada por los gerentes públicos y los líderes de proceso.
Segunda Línea, conformada por servidores responsables de monitoreo y evaluación de controles y gestión del riesgo (jefes de planeación, supervisores e interventores de contratos o proyectos, comités de riesgos donde existan, comité de contratación, entre otros).
Tercera Línea, conformada por la oficina de Control Interno.